À l’heure du GPS et des radars, les marins n’ont plus besoin d’un phare pour se positionner. Celui des Pâquis maintenu en fonction par la Capitainerie de Genève n’est plus qu’un objet patrimonial. Sa lumière n’est là que pour nous rappeler l’importante histoire de la batellerie lacustre du XIXe siècle, celle où les navigateurs  s’alignaient sur le chenal d’entrée de la Rade, en pointant le Phare à l’aide de leur compas de relèvement.
Un peu d’histoire
Depuis les temps reculés, accéder à Genève par voie d’eau était délicat. Un haut fond, dit le « Banc de Travers », faisait prendre, aux embarcations trop chargées, le risque d’un échouage.
En 1823, les autorités décident de remédier à ce problème récurrent. Elles entreprennent  de draguer ce haut fond afin d’ouvrir un chenal d’accès pour les bateaux à  fort tirant d’eau. Trente quatre années plus tard, Genève se dote d’un port unique. L’Ingénieur Cantonal Léopold Stanislas Blotnitzki, arrime à chaque rive, deux digues avancées sur le lac. Les jetées des Pâquis et des Eaux-Vives, séparées d’une passe de 230 mètres offrent enfin aux bateaux un amarrage dans un espace protégé de la houle du Nord. Dressé sur le musoir des Pâquis, un premier fanal s’illumine le 6 décembre 1857.

Deux raisons pour ériger un phare à l’entrée de la Rade.
De nuit pour arriver à bon port, les timoniers devaient, pour commencer,  s’aligner dans le chenal.  Ensuite il était nécessaire pour eux, à l’approche des jetées, de bien visualiser le goulet d’entrée et ses enrochements agressifs.

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En 1894, on reconstruit un phare plus performant disposant d’un système optique Fresnel à 4 panneaux lenticulaires. Pour appliquer la convention internationale du 9 juillet 1887 qui préconise, pour l’entrée d’un port une marque verte, on intercale deux filtres de mêmes couleurs dans le dispositif.
La signature du phare donne alors : un éclat blanc et un éclat vert toutes les 3,5 secondes.
Dans les années 1900, la législation se modifie. Elle prévoit que la passe d’entrée d’un port, en venant du large, soit signalée par un feu vert sur le môle de droite et un feu rouge sur le môle de gauche.
Le phare des Pâquis s’adapte. On supprime les 2 verres colorés et on ajoute, au pied du phare, une lumière fixe de couleur verte.
Dans la lanterne de la jetée des Eaux-Vives, on installe un filtre rouge en 1911 (photos).

Depuis 1911, le phare principal des Pâquis ne se signe plus que par : un éclat blanc toutes les 5 secondes.

Actuellement, seuls les feux marquant l’entrée d’un port sont nécessaires. Ils sont soumis à l’Ordonnance fédérale sur la navigation dans les eaux suisses (747.201.1) du 8 novembre 1978.